O Programa São Paulo em Paz foi um projeto no qual o Sou da Paz assessorou a Prefeitura de São Paulo na construção e na execução de planos locais de prevenção da violência em três distritos da cidade: Brasilândia (zona norte), Grajaú (zona sul) e Lajeado (zona leste). Juntos, estes distritos somam uma população de cerca de 840 mil habitantes.

A metodologia do projeto envolve três etapas: diagnóstico, construção dos planos com ações a ser executadas pela administração municipal e outras entidades e implementação dos planos.

Em 2006, o Sou da Paz realizou os diagnósticos de cada distrito e construiu os Planos Locais de Prevenção da Violência e promoção da Convivência . Ao longo de 2007 e no início de 2008, trabalhou para a implementação das ações previstas nos Planos. Em todo o processo, o Sou da Paz buscou envolver a comunidade e o poder público através de intensa articulação.

Fortalecimento de Consegs, aproximação entre jovens e policiais, mediação de conflitos, combate à violência doméstica foram algumas das ações realizadas pelo São Paulo em Paz. 

O São Paulo em Paz foi transformado em Programa municipal por meio do Decreto Municipal número 48.147, de 16 de fevereiro de 2007. Este foi um importante passo na consolidação de um modelo de política pública que poderá se expandir para outros distritos e regiões da cidade.

Durante o período de implementação do projeto, foi verificada uma queda dos homicídios nos distritos. Ainda que esta queda não possa ser atribuída diretamente ao projeto, há indícios de que a presença do São Paulo em Paz contribuiu para este resultado.